Octavia WRC се появи през 1999, след това Škoda Motorsport участва с Fabia WRC, Fabia S2000, Fabia R5, Fabia R5 Evo, Fabia Rally2, Fabia Rally2 Evo и Fabia RS Rally2

Škoda чества четвърт век от дебюта в световния рали шампионат с Octavia WRC, която дебютира през 1999. Двигателят бе 2,0-литров турбо с 300 к.с. и 500 Нм, по-късно увеличени на 600 Нм. Масата на автомобила е 1230 кг по изискване на правилата. Пилот е Бруно Тири, който записва 4-то място в дебютния сезон. Моделът се използва до 2003 г., а най-доброто класиране за сезона е трето място в рали Сафари за Армин Шварц.

От 2003 г. моделът е сменен от Fabia WRC, дебютирал на рали Германия. Моторът отново е 2,0 литра с 300 к.с. и 600 Нм, трансмисията секвенционална 6-степенна кутия с три активни диференциала. Автомобилът се управлява от Колин Макрий.

През 2005 г. екипът се оттегля от топ категорията, а през 2009 г. дебютира Fabia S2000. Проектът е базиран на второто поколение на Fabia. Направени са 63 автомобила Fabia S2000, които печелят 50 национални и международни шампионата. Заводският екип е с пилоти Юхо Ханинен, Ян Копецки и Есапека Лапи.

През 2011 Андреас Микелсен става шампион в IRC. Моделът е наследен от Škoda Fabia R5, който надминава успехите на предшественика. Двигателят е 1,6 литра с 282 к.с. и 420 Нм, задвижването 4х4. Škoda Motorsport печели титлата във WRC2 за конструктори през 2015, 2016, 2017 и2018, също така при пилотите през 2019 и 2021. Произведени са над 450 състезателни коли от третото поколение Fabia, най-успешната и продавана кола в историята.

През 2023 г. моделът бе сменен с Fabia RS Rally2 с 1,6 с 289 к.с., подобрена аеродинамика и модифицирана 5-степенна секвенционална кутия. С нея Андреас Микелсен взе пилотската титла във WRC2. С модела участва и Себастиан Льоб в рали Азорски острови, където спечели третия кръг от шампионата ТЕР.